Pour identifier des cibles thérapeutiques potentielles pour le SRAS-CoV-2, Daniloski et ses collaborateurs de l'Université de New York aux États-Unis ont effectué un criblage CRISPR à l'échelle du génome dans des cellules épithéliales pulmonaires humaines. Ils identifient les gènes et les voies nécessaires à l'infection par le SRAS-CoV-2, notamment la pompe à protons vacuolaire ATPase, les complexes Retromer et Commander. À l'aide de la transcriptomique unicellulaire, ils identifient la régulation positive de la biosynthèse du cholestérol comme un mécanisme courant sous-tendant la résistance virale, en plus de la séquestration de l'ACE2.
Faits saillants
En octobre 2020, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), le virus responsable de la COVID-19, avait infecté 40 millions de personnes dans le monde et entraîné la mort de plus d'un million de personnes, selon le John Hopkins Research Center.
Étant donné que le SARS-CoV-2 a déjà eu de graves répercussions sur la vie humaine et les moyens de subsistance dans le monde entier, de nombreux instituts de recherche, organisations gouvernementales et sociétés pharmaceutiques s'efforcent d'identifier des médicaments antiviraux et de développer des vaccins.
Cet article présente un dépistage de la perte de fonction à l'échelle du génome, afin d'identifier les cibles parmi les gènes de l'hôte nécessaires à l'infection par le SRAS-CoV-2. Ces cibles géniques (et les inhibiteurs de ces gènes) peuvent contribuer à la mise au point de nouveaux traitements contre la COVID-19. Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN enveloppé de sens positif qui dépend de facteurs liés à l'hôte pour les étapes de son cycle de vie.
À ce jour, aucune étude portant sur l'ensemble du génome n'a permis d'identifier directement les gènes humains nécessaires à l'infection virale, ce qui sera d'un grand intérêt et d'une grande utilité pour l'ensemble de la communauté scientifique. Cet article présente le dépistage de la perte de fonction CRISPR à l'échelle du génome dans des cellules de carcinome épithélial basal alvéolaire humain afin d'identifier les gènes dont la perte confère une résistance à l'infection virale par le SRAS-CoV-2.
Ils confirment que ces gènes réduisent l'infection par le SRAS-CoV-2 en utilisant de multiples perturbations cellulaires orthogonales (inhibition du CRISPR, inhibition de l'interférence ARN et inhibiteurs de petites molécules). Ils ont exploré les mécanismes potentiels de leur activité antivirale en utilisant la transcriptomique unicellulaire, la cytométrie en flux et l'immunofluorescence pour détecter les principaux gènes cibles.
Ce travail fournit une ressource quantitative de l'impact de la perte de chaque gène sur la réponse à une infection virale pour chaque gène codant pour une protéine du génome humain.
Source : Daniloski et al., Identification des facteurs hôtes requis pour l'infection par le SRAS-CoV-2 dans les cellules humaines, Cell (2021), https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.030