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Le séquençage du transcriptome, ou séquençage de l'ARN, offre une image détaillée de la fonction et du comportement des cellules en examinant la transcription de l'ARN. Notre service de séquençage de l'ARN offre de nombreuses possibilités pour étudier l'ARN total, l'ARNm ou d'autres fractions d'ARN avec une précision et une fiabilité élevées.
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Un transcriptome est une collection de tous les transcrits d'ARN présents dans un échantillon. Les molécules d'ARN sont basées sur la séquence de l'ADN à partir de laquelle elles ont été transcrites, mais ce processus est loin d'être simple. L'analyse du transcriptome à l'aide de l'ARN seq permet aux chercheurs de déterminer si des gènes spécifiques sont exprimés, à quel rythme et à quoi ressemblent leurs séquences exactes.
Comme pour le séquençage du génome entier, il existe une distinction entre le reséquençage du transcriptome et le séquençage de novo du transcriptome. Lors du reséquençage, les fragments d'ADN complémentaire (ADNc) sont alignés sur un génome de référence, tandis que lors du séquençage de novo, les fragments d'ADNc sont assemblés sans utiliser de référence.
Les principaux segments du transcriptome destinés à la recherche comprennent l'ARN messager (ARNm), l'ARN ribosomique, l'ARN de transfert, le petit ARN, l'ARN extracellulaire et l'ARN long non codant (lncRNA). Ceux-ci peuvent être analysés individuellement ou en combinaison, notamment :
Le séquençage du transcriptome entier (WTS), ou séquençage total de l'ARN, vous donne les informations les plus complètes sur la transcription des gènes. Notre service WTS vous fournit des informations sur l'ARNm ainsi que sur d'autres sous-populations d'ARN, telles que l'ARNnc, qui peuvent jouer un rôle clé dans le comportement et le fonctionnement des cellules.
Le séquençage de l'ARNm étudie la fraction d'ARN qui est traduite en protéines et constitue l'une des méthodes les plus populaires pour analyser les états pathologiques et les processus biologiques. Cette méthode est extrêmement approfondie et permet aux chercheurs de trouver des variants souvent indétectables avec d'autres techniques.
La préparation de bibliothèques d'ARNm fonctionne en séparant l'ARNm des autres fractions d'ARN. Chaque molécule d'ARNm possède une série de nucléotides « A » à l'extrémité 5' (queue poly A), qui peuvent être utilisés pour la capture sélective.
Le séquençage de petits ARN cible et isole de petites molécules d'ARN afin de découvrir comment ces ARN non codants affectent l'expression des gènes. Les petits ARN sont connus pour être impliqués dans la régulation de l'expression des gènes dans les processus cellulaires.
Notre flux de travail NGS cible les ARN d'une longueur maximale de 200 nucléotides. Il capture donc toutes les petites familles d'ARN d'un échantillon, y compris les microARN, les petits ARN interférents (siRNA), les ARN interagissant avec le piwi (piARN) et d'autres ARN non codants.
L'ARN extracellulaire, ou ARN des exosomes, est de l'ARN contenu dans des exosomes qui existent à l'extérieur d'une cellule dans des fluides tels que le plasma ou l'urine. L'isolement des exosomes vous permet d'étudier l'ARN qu'ils contiennent afin de mieux comprendre le rôle des exosomes dans les processus biologiques.
En créant un transcrit complet d'une molécule d'ARN, vous pouvez caractériser l'isoforme du transcrit sur l'ensemble du gène cible. Cette technique fournit des informations précises sur les exons épissés en alternance et les sites de démarrage de la transcription (TSS) qui sont difficiles à obtenir avec un séquençage à lecture courte.
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Vous pouvez consulter la liste de tous les kits de bibliothèque disponibles et les critères d'échantillonnage de Macrogen Europe. Des échantillons RTR ? Vous pouvez également trouver les critères de la bibliothèque au cas où votre échantillon serait prêt pour le séquençage.
Il existe plusieurs types d'analyse du transcriptome qui nécessitent des kits de bibliothèque spécifiques. Nous avons ce qu'il vous faut. Notre partenariat avec des fournisseurs de premier plan, tels qu'Illumina et PacBio, nous permet de traiter tout type d'échantillon. Jetez un coup d'œil à nos kits les plus vendus.
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Pour la plupart des recherches, l'obtention de données RAW est suffisante pour leurs recherches. Cependant, Macrogen Europe est prête à fournir des analyses bioinformatiques pour votre projet.
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Pour comparer les échantillons de contrôle avec votre échantillon de l'étude. Notre analyse peut vous fournir le nombre de gènes régulés à la hausse et à la baisse en fonction du changement de pli et de la valeur p de la paire de comparaison.
Afficher la distribution de la valeur normalisée de chaque groupe pour la paire de comparaison.
La carte thermique montre les résultats de l'analyse de clustering hiérarchique (méthode euclidienne, liaison complète) qui regroupe la similitude des gènes et des échantillons par niveau d'expression (valeur normalisée) à partir d'une liste significative.
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