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Séquençage de single cell

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Allez au-delà des moyennes et obtenez l'image la plus précise des transcriptomes de vos cellules grâce au séquençage de cellules uniques. Grâce à la technologie de pointe 10x Genomics Chromium, nous proposons des données précises et fiables, y compris le profilage des cellules immunitaires, à différents niveaux de débit pour répondre à vos besoins.

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Présentation

Le séquençage unicellulaire, nommé méthode de l'année 2013 par La nature, est un outil puissant pour comprendre l'expression des gènes au niveau de chaque cellule.

Les méthodes unicellulaires permettent de disséquer l'hétérogénéité d'échantillons de tissus ou de populations cellulaires, ce qui permet de mieux prédire la progression de la maladie, d'identifier de nouvelles cibles médicamenteuses, de mesurer l'efficacité, de déterminer des types ou des états cellulaires inconnus ou rares, d'étudier le profil immunitaire, etc. Ces méthodes recèlent un énorme potentiel pour lutter contre des maladies telles que le cancer et la neurodégénérescence. Un autre avantage du séquençage unicellulaire est sa capacité à rendre les cellules rares plus accessibles à l'analyse, à condition que des méthodes efficaces soient disponibles pour isoler ou enrichir ces cellules à partir de leur environnement hétérogène.

Analyse unicellulaire ou analyse en masse

Les deux technologies ont leurs avantages et le choix dépend en grande partie de ce que vous essayez de réaliser dans votre recherche. Jetons-y un coup d'œil !

Avec séquençage d'ARN en masse, vous obtenez un aperçu des différences moyennes d'expression génique entre les échantillons (par exemple, les patients atteints de cancer par rapport aux individus en bonne santé). Cela peut être suffisant si votre objectif est de découvrir des biomarqueurs du cancer ou d'étudier la biologie des maladies.

Séquençage unicellulaire offre la possibilité de découvrir des différences moléculaires spécifiques à certains types de cellules. Parfois, la clé réside dans des types de cellules spécifiques, et dans ce cas, il est nécessaire d'examiner l'expression des gènes dans des cellules individuelles plutôt qu'une représentation moyenne.

Il n'est pas nécessaire qu'il s'agisse d'une décision ou d'une autre. L'intégration de données issues d'expériences de séquençage en masse et de cellules uniques peut vous apporter des informations précieuses !

Domaine de recherche

Oncologie

Le profilage du transcriptome unicellulaire permet d'identifier des différences biologiquement pertinentes dans les cellules, même lorsqu'elles ne peuvent pas être distinguées par des gènes marqueurs ou par la morphologie cellulaire. Une tumeur n'est jamais une masse homogène de cellules mais plutôt un mélange de différents types de cellules tumorales, chacun influençant la tumeur de manière unique. Cette complexité rend difficile l'identification des mécanismes moléculaires précis à l'œuvre lors de l'analyse des données d'expression d'ARN-seq en vrac. Cependant, la résolution améliorée du séquençage unicellulaire permet d'évaluer l'hétérogénéité tumorale et de mieux comprendre comment les tumeurs se comportent dans leur microenvironnement.

Biologie du développement

Les cellules souches se développent et se différencient en cellules progénitrices et en cellules matures en suivant des voies de différenciation spécifiques. Chez certaines espèces, ces processus de développement peuvent être réactivés pour régénérer les tissus, ce qui représente un potentiel important pour le traitement des maladies congénitales et l'avancement de la médecine régénérative. Séquençage unicellulaire est un outil puissant pour étudier ces modèles de développement au niveau des cellules souches ou progénitrices individuelles, permettant ainsi de déterminer avec précision la lignée cellulaire. Cette technologie permet d'identifier les étapes de différenciation et les types de cellules correspondants, de la cellule souche à la cellule mature, pour toutes les espèces et tous les types de cellules.

Immunologie

Le système immunitaire est très complexe, composé de différents types et sous-types de cellules, chacun impliqué dans différentes réponses immunitaires. L'étude de ce domaine à haute résolution à l'aide du séquençage unicellulaire peut approfondir notre compréhension de ces processus complexes. Cette approche permet d'identifier et de caractériser les types de cellules immunitaires de votre échantillon, y compris leurs marqueurs de surface cellulaire. De plus, le séquençage unicellulaire peut identifier la spécificité de l'antigène, ce qui permet de mieux caractériser les populations de cellules immunitaires et de faciliter la découverte d'anticorps.

Neurosciences

Le domaine des neurosciences bénéficie grandement des données à haute résolution fournies par le séquençage unicellulaire. Le système nerveux central est une structure complexe composée de différents types de cellules et de voies de signalisation. En comparant différents états d'expression génique unicellulaire, nous pouvons mieux comprendre les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la fonction neuronale, les maladies et les lésions.

Références :

https://www.nature.com/articles/nmeth.2801

https://www.nature.com/articles/s41368-021-00146-0

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Vous pouvez consulter la liste de tous les kits de bibliothèque disponibles et les critères d'échantillonnage de Macrogen Europe. Des échantillons RTR ? Vous pouvez également trouver les critères de la bibliothèque au cas où votre échantillon serait prêt pour le séquençage.

Kits de bibliothèque et critères

Macrogen propose une variété de services adaptés à vos objectifs spécifiques en matière d'études unicellulaires. La méthode de Singleron, basée sur la séparation cellulaire par micropuits, est recommandée pour les tissus. Entre-temps, 10x Génomique propose une méthode microfluidique pour le séquençage de l'ARN unicellulaire, idéale pour les échantillons de FFPE ou de suspension cellulaire. Ci-dessous, vous pouvez consulter les différents kits de bibliothèque que nous proposons et les critères minimaux.

*Le nombre de cellules recommandé dépend du nombre de cellules que vous souhaitez capturer.

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Oui, nous avons la bioinformatique en interne

Il est essentiel de connaître l'objectif de votre recherche pour établir la configuration de séquençage et l'analyse statistique correctes. Dites-nous quel est l'objectif de votre recherche et nous vous guiderons pour obtenir les bons services bioinformatiques.

Des données brutes aux services personnalisés

Pour un plus grand nombre de chercheurs, l'obtention de données RAW est suffisante pour leurs recherches. Cependant, Macrogen Europe est également prête à fournir des analyses bioinformatiques pour votre projet.

Nous nous efforçons de vous fournir quelques exemples du type de graphiques et d'analyses pour le séquençage de cellules uniques.

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