L'analyse des fragments sépare et analyse les produits de PCR amplifiés en fonction des fragments à l'aide d'une amorce marquée par un marqueur fluorescent.
Cartographie des liens
Sous-typage des agents pathogènes
Perte d'hétérozygotie (LOH)
Élevage d'animaux
Diversité génétique
Répétition de séquences inter-simples (ISSR)
Typage humain, animal et végétal
Instabilité des microsatellites
Analyse des variantes multilocus (MLVA).
Les fragments d'ADN seront marqués à l'aide de colorants fluorescents lors de l'amplification par réaction en chaîne par polymérase (PCR) sur un thermocycleur. Plusieurs colorants fluorescents de couleurs différentes peuvent être détectés dans un échantillon (Multiplex). L'une des couleurs de teinture est utilisée pour un étalon de taille étiqueté présent dans chaque échantillon. La norme de taille est utilisée pour extrapoler les tailles des paires de bases des pics du produit de l'échantillon.
Les fragments seront séparés par taille par électrophorèse capillaire. Les données sont analysées à l'aide d'un logiciel pour déterminer la taille et le génotype.
Taille : Le logiciel d'analyse utilise la norme de taille pour créer une courbe standard pour chaque échantillon. Il détermine ensuite la taille relative de chaque fragment marqué par un colorant dans l'échantillon en comparant les fragments à la courbe standard de cet échantillon spécifique.
Génotype : Le logiciel d'analyse attribue des appels d'allèles en fonction de créateurs (loci) définis par l'utilisateur.
Différentes manières d'utiliser l'analyse de fragments :
Les marqueurs microsatellites (loci), également appelés répétitions courtes en tandem (STR), sont des loci d'ADN polymorphes constitués d'une séquence nucléotidique répétée. Dans une analyse microsatellite typique, les loci des microsatellites sont amplifiés par PCR à l'aide d'amorces directes marquées par fluorescence et d'amorces inverses non marquées. Les amplicons PCR sont séparés par taille par électrophorèse. Les applications incluent : le test de paternité, la criminalistique, le lien entre les maladies, le typage des animaux, l'instabilité des microsatellites.
Un marqueur de polymorphisme nucléotidique unique (SNP) est constitué d'une seule paire de bases dont la séquence d'ADN connue varie, créant jusqu'à quatre allèles ou variantes du marqueur.
Plusieurs technologies basées sur l'AFLP® utilisent le polymorphisme de longueur des enzymes de restriction et la réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour générer une empreinte digitale pour un échantillon donné, permettant ainsi de différencier les échantillons d'ADN génomique en fonction de l'empreinte digitale. Les applications incluent : le typage du génome microbien - Le typage du génome animal ou végétal - La création de cartes génétiques de nouvelles espèces - Les études sur la diversité génétique et la phylogénie moléculaire - L'établissement de groupes de liaison entre les croisements.
Les applications de fluorescence relative comparent la hauteur ou la surface du pic entre deux échantillons. Les applications incluent : la perte d'hétérozygotie (LOH) dans les échantillons de tumeurs - la variation du nombre de copies (CNV) - Les tests d'aneuploïdie - La détection de délétions chromosomiques importantes.